1、施工的連續性不同：土壓平衡頂管掘進機將切削產生的泥渣土通過螺旋機排到機內，然后用專門的泥土壓送裝置或人工的手推車送到地面，這種方法在時間上存在著一定的間隙，使得作業無法連續進行。泥水平衡頂管掘進機利用泥水把切削下的泥土轉化成泥漿，使用排泥泵排出工作井外。這種方法可以進行連續不斷的作業。

2、適應的土質不同：土壓平衡頂管掘進機可適用于淤泥土到沙礫土等不同土質，但對于地下水的變化適應性較差。泥水平衡頂管掘進機可適用于大部分土層，通過調整注入水壓可以平衡切削斷面的地下水壓力，因此更穩定安全。尤其適用于地下水較高的土層，但不適用于滲水性高的土層。

3、口徑大小不同：由于土壓平衡頂管掘進機需要安裝螺旋機出土，因此其口徑不能過小，一般口徑在1500mm以上，而泥水平衡式頂管掘進機不受此類限制，其口徑可從400mm到4000mm。